消毒工作往往會受到各種因素和條件的影響與限制，所以在消毒之前，要根據消毒的目的、條件和環境情況等因素綜合考慮，選擇一種或幾種切實可行的消毒方法。

根據病原微生物選擇:由于各種微生物對消毒因子的抵抗力不同，所以要有針對性地選擇消毒方法。對一般細菌繁殖體、親脂性病毒、螺旋體、支原體、衣原體和立克次體等，可用煮沸消毒或低效消毒劑等常規消毒方法，如用潔爾滅、洗必泰等;對于結核桿菌、真菌等耐受力較強的微生物，可選擇中效消毒劑與熱力消毒方法;對于污染抗力很強的細菌芽孢需采用熱力、輻射及消毒劑的方法，如過氧化物類、醛類與環氧乙烷等。另外真菌孢子對紫外線抵抗力強;季銨鹽類對腸道病毒無效。

根據衛生防疫要求消毒在發生傳染病的地區或患戶，要根據衛生防疫要求，選擇合適的消毒方法，加大消毒劑量和消毒頻次，以提高消毒質量和效率。